1612年，法国数学家Claude-Gaspard Bachet de Méziriac提出即三阶的方法。

18世纪，瑞士数学家莱昂哈德·欧拉提出即n阶的方法。1892年和1895年，两个法国的日报发表《Carré magique diabolique》，就是即九阶世纪，数独一样的。相传数独源起于拉丁方阵（Latin Square），1970年代在美国发展，改名为“数字拼图”（Number Place）、之后流传至日本并发扬光大，以数学智力游戏智力拼图游戏发表。在1984年一本游戏杂志《パズル通信ニコリ》正式把它命名为“数独”，意思是“在每一格只有一个数字”。后来一位前任香港高等法院的新西兰籍法官高乐德（Wayne Gould）在1997年3月到日本东京旅游时，无意中发现了。他首先在英国的《泰晤士报》上发表，不久其他报纸也发表，很快便风靡全英国，之后他用了6年时间编写了计算机程序，并将它放在网站上，使这个游戏很快在全世界流行。台湾于2005年5月由《中国时报》首度引进, 且每日连载, 亦造成很大的回响。台湾数独发展协会（Taiwan Sudoku Association，简称TSA）亦为世界解谜联盟会员。香港则是由AM730于2005年7月30日创刊时引入数独。中国大陆是在2007年2月28日正式引入数独。北京晚报智力休闲数独俱乐部（数独联盟前身）在新闻大厦举行加入世界谜题联合会的颁证仪式，成为世界谜题联合会的39个成员之一。 后来更因数独的流行衍生了许多类似的数学智力拼图游戏，例如：数和、杀手数独。

2010年代，随着电脑和智能手机的兴起，数独在个人电脑，网站和手机上也很受欢迎。

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